La tipología de la Bandera de Baztánse corresponde con ciertas banderas de Tercio o Compañía de la segunda miad del siglo XVII. En este caso la bandera original había sido reparada numerosas veces durante su vida útil como enseña militar, además de haber sido restaurada una vez retirada y guardada por su carácter simbólico, conservándose muy poco del tejido original.
Los daños de carácter general han sido suciedad de carácter superficial depositada de forma irregular sobre la superficie de la pieza y que ha provocado la deshidratación general de la fibra de seda; deformaciones motivadas por el peso de la pieza, que ha estado suspendida de argollas metálicas cosidas en el borde superior de la pieza, la oxidación de algunas zonas de la vaina y áreas de la zona superior por ataque microbiológico; la rotura de urdimbres parece forma generalizada exclusivamente en los fragmentos de color verde y amarillo, en un curioso caso de deterioro de la seda.
La intervención del IPCE se inició en primer lugar con la eliminación de antiguas restauraciones que enmascaraban la pieza primitiva, que consistían principalmente en una réplica de la bandera del siglo XVII colocada a modo de consolidación del original. ésta presenta zurcidos, parches y recosidos además de estar protegida por un tul que la ha fragmentado; sobre ella aparecen además manchas de origen orgánico. Los procesos de limpieza y alineado han precedido a la elaboración de un soporte rígido en policarbonato celular de 16 mm de grosor, para el montaje y conservación de la pieza.
En el tratamiento realizado ha primado un criterio de conservación frente a otro más intervencionista, debido fundamentalmente al mal estado de conservación de la pieza y a la necesidad de realizar las mínimas manipulaciones e intervenciones de costura.