La cajonería, conjunto mobiliar realizado según trazas de Jacobo Torni el Florentino, que dejó constancia en el mueble de sus amplios conocimientos del arte italiano, y terminado por Jerónimo Quijano a la muerte del maestro, acusaba la ausencia de algunos tableros, perdidos en el incendio que tuvo lugar en la catedral en el siglo XVII, así como se detectó la presencia de xilófagos en la zona inferior del mueble debidos a la acción de la humedad, e importantes problemas de estabilidad física causados por el desprendimiento de la crestería.
La finalidad de la intervención, además de la restauración y conservación del conjunto mobiliar, es el acondicionamiento del espacio de la sacristía en la que se ubica para garantizar la conservación preventiva de la pieza.
La intervención que ha realizado el IPCE ha consistido en la restauración general y en el montaje del mueble siguiendo el esquema original y respetando la cámara de aire existente en los fondos de la cajonería y la zona interior de todo el conjunto, con un sistema de ventilación que minimizará la acumulación de humedad en el interior.